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            SSR分子標記開發

            來源: 本站原創    作者:佚名   發布時間:2015/3/31 11:48:21

              SSR(Simple Sequence Repeats),又叫微衛星DNA(Microsatellite DNA)。重復單元很短,只有1-6 bp;重復數可變,總長度為幾十個bp,分布于整個基因組的不同位置上。微衛星DNA兩端的序列一般是相對比較保守的單拷貝序列,據此可設計特異引物進行PCR擴增。根據串聯重復數不同,便可以揭示微衛星DNA長度的多態性,具長度多態性的片段可用作分子標記。微衛星標記因具多態性豐富、重復性好、共顯性等優點廣泛應用于遺傳圖譜構建、種群遺傳學、指紋分析、系統發育等研究領域。

             

            一、技術路線

            Roche 454 GS FLX+

            二、生物信息分析

             

            1.原始數據整理、過濾及質量評估

                ♦測序數據量統計

                ♦測序質量評估

                    單堿基質量分布

                    堿基GC含量

                    模糊堿基分布

             

            2.SSR分析

                ♦SSR搜索

                ♦重復序列信息

                    SSR堿基分布

                      不同長度SSR分布

                ♦引物設計

                    引物列表

             

            3.樣品間SSR聚類及統計比較

                ♦相似SSR統計

             

            三、樣品要求

             

            1) 基因組DNA:濃度≥100 ng/μl,總量≥10 μg,OD260/280介于1.8~2.0之間,電泳檢測無明顯RNA條帶,基因組條帶清晰、完整。樣品濃度越高越好。

             

            2) 血液樣品:≥1ml,請使用專業抗凝管儲存樣品。

             

            3) 動物組織樣品:要求新鮮動物組織,避免脂肪組織,各樣品重量>10g,干冰或液氮保存寄送。

             

            4) 植物組織樣品:要求新鮮較嫩的葉片組織,各樣品重量>10g,干冰或液氮保存寄送。

             

            5) 樣品中有多糖、糖蛋白的殘留,往往對打斷DNA樣品帶來非常大的麻煩,且很難去除,因此特別要求,客戶提供的樣品一定要將多糖或糖蛋白去除干凈。

             

            6) 樣品保存期間切忌反復凍融。

             

            7) 請使用冰袋或干冰運輸,避免DNA降解。

             

            8) 請填寫完整的送樣單,用自封袋密封后隨同樣品一起送樣。

             

            四、應用領域

             

            1、可進行未知基因組的物種進行SSR標記開發。

             

            2、文庫篩選率高,可最高達70%;而傳統方法篩選率在30%左右。

             

            3、數據產出量高,可得到幾十萬條包含SSR位點的序列。

             

            4、結合高通量測序技術及強大的生物信息分析技術,可對整個未知基因組進行搜尋,提高分子標記的開發力度。更容易發現新的SSR標記。

             

            5、更專業的SSR標記分析系統,個性化的數據分析。

             

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