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            外顯子組測序

            來源: 本站原創    作者:佚名   發布時間:2015/3/31 11:44:53

             外顯子組是一個物種基因組中全部外顯子區域的總和,該區域包含著合成蛋白質所需要的信息,涵蓋了與個體表型相關的大部分的功能性變異。外顯子組測序是以高效捕獲為前提,相對于全基因組測序,外顯子組測序的覆蓋度更深,數據準確性更高。同時基于大量的公共數據庫提供的外顯子數據,能夠結合現有的資源更好地解釋研究成果。

            一、技術路線

            Ion Proton平臺:外顯子產品的測序時間僅為2-4h,客戶可以采用一張PI芯片同時對兩個外顯子組進行測序,在單核苷酸變異檢測方面均表現良好,適應目前市場尤其是臨床診斷與檢驗的需求以及樣品少,要求測序時間快的客戶。

            Hiseq2500平臺:外顯子產品數據均一性較好、單個堿基質量較高。適合低樣品量、對數據均一性有要求或者需要指定分析軟件的客戶。

            二、生物信息分析

            1. 原始數據整理、過濾及質量評估

            2. 參考基因組注釋信息整理

            3. 比對到參考基因組及結果評估
              3.1.外顯子測序深度分布分析
              3.2外顯子測序均一性分析

            4 SNP分析
               4.1 SNP檢測
               4.2 SNP注釋

            5.插入和缺失(InDel)分析
               5.1 InDel檢測
               5.2 InDel注釋

            6. 編碼序列突變及氨基酸取代預測

            7. dbSNP數據統計及疾病分析

            三、結果展示

                

            四、樣品要求

            1. 基因組DNA:Illumina:DNA濃度≥20 ng/μl,總量≥6 μg;Ion proton:DNA濃度≥20 ng/μl,總量≥300 ng,OD 260/280介于1.8-2.0之間,電泳檢測無明顯RNA條帶,基因組條帶清晰、完整。樣品濃度越高越好。

            2. 血液樣品:請使用專業抗凝管儲存樣品。哺乳動物血液提供>2ml,有細胞核的血液>500ul。


            3. 樣品中有多糖、糖蛋白的殘留,往往對打斷DNA樣品帶來非常大的麻煩,且很難去除,因此特別要求,客戶提供的樣品一定要將多糖或糖蛋白去除干凈。


            4. 樣品保存期間切忌反復凍融。

            五、迪巧的優勢

            1. 豐富的外顯子組測序及分析經驗,擁有標準化操作實驗室和高通量測序技術平臺Illumina Nextseq 500、Illumina HiSeq 2500和Ion Proton,實驗周期短,質量可靠。

            2. 技術人員經驗豐富,可以根據合作伙伴要求提供實驗方案、解決實驗問題、分析實驗結果。

            3. 擁有專業的生物信息團隊和完整的生物信息分析服務體系,除提供標準化生物信息服務外,還可以為合作伙伴提供個性化的生物信息分析服務。

            4. 擁有標準的、實時更新的項目進展流程,有助于合作伙伴及時了解項目進展最新情況。

            5. 迪巧生物免費提供文章寫作指導服務和文章潤色服務。

          2. 上一個項目: 宏基因組de novo測序
          3. 下一個項目: SSR分子標記開發
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