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            宏基因組de novo測序

            來源: 本站原創    作者:佚名   發布時間:2015/3/31 11:41:38

             宏基因組de novo測序是指對環境樣品中所有微生物基因組DNA片段化后進行高通量測序,進行序列組裝和基因注釋,獲得部分不可純培養微生物的基因組序列,分析該環境下所有微生物基因集信息。

                通過宏基因組de novo測序,能夠解釋微生物群落多樣性、種群結構、進化關系、功能活性及環境之間的相互協作關系,極大地擴展了微生物學研究范疇。

             一、技術路線

             

             

             Roche 454 FLX+、Illumina MiSeq

             

            二、生物信息分析 

            1. 原始數據整理、過濾及質量評估

            2. 基于物種豐度分析:
                ♦物種豐度列表
                ♦稀釋曲線

            3. 基于物種豐度分析:
                ♦豐度分布曲線圖
                ♦生物多樣性指數(α多樣性)列表
                ♦物種豐度差異性分析列表
                ♦多樣品物種分布柱圖
                ♦豐度差異物種聚類分析
                ♦PCA圖
                ♦Krona圖

            4. 基因豐度列表:
                ♦提取基因分級注釋豐度列表(KO、NOG、subsystem)
                ♦功能基因列表
                ♦生成venn圖
                ♦基因豐度差異性分析列表
                ♦豐度差異基因聚類分析
                ♦富集分析(KO)

            5. 根據客戶需求進行個性化分析 

            三、結果展示

              

             

            四、樣品要求 

            1、樣品采集:樣品采集條件的一致是最為重要的環節,嚴格按照采樣標準采樣,采樣后立即封存樣品冷凍保存。 

            2、樣品DNA:環境因素異常復雜,許多物質或抑制因子影響后續PCR、測序文庫構建和序列測定,常規提取方法不一定適合,建議采用專用試劑盒提取。PE文庫DNA濃度≥20 ng/μl,總量≥6 μg(熒光定量),并確保電泳檢測無明顯RNA條帶,基因組條帶清晰、完整;基因組DNA完全無降解;提供DNA電泳檢測照片,用自封袋密封后隨樣品一起送樣;組織樣品﹥1.5 g。

            3、樣品保存期間切忌反復凍融。

            4、送樣管務必標清樣品編號,管口使用Parafilm膜密封。

            五、迪巧的優勢

            1.標準化的實驗室操作流程,經驗豐富的技術人員,可根據合作伙伴的要求解決實驗問題。

            2.迪巧生物擁有多個先進的測序平臺,實驗周期短,質量可靠。

            3.Illumina Miseq平臺參與宏基因組de novo測序,讀長較長,有利于拼接,且性價比高。

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          3. 下一個項目: 外顯子組測序
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