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            宏基因組測序

            來源: 本站原創    作者:佚名   發布時間:2015/3/31 11:35:51

             宏基因組是指特定環境中全部生物(微生物)遺傳物質的總和。宏基因組測序即利用測序技術對環境樣品中全部微生物的基因組進行測定,以分析微生物群體的基因組成及功能,解讀微生物群體的多樣性和豐度,探索微生物與環境及宿主之間的關系,發掘和研究新的具有特定功能的基因等。目前,第二代高通量測序技術在宏基因組的研究上已被廣泛應用。與傳統方法相比,基于高通量測序的宏基因組研究無需構建克隆文庫,這避免了文庫構建過程中利用宿主菌對樣品進行克隆而引起的系統偏差,簡化了實驗操作,提高了測序效率,從而極大地促進了宏基因組學的發展。

                16S/18S rDNA測序與宏基因組測序的區別:16S/18S rRNA基因測序以細菌16S rRNA 或者真菌18S rRNA 基因測序為主,核心是研究樣品中的物種分類、物種豐度以及系統進化。宏基因組測序以環境樣品中的微生物群體基因組為研究對象,直接從環境樣品中提取全部微生物的DNA,構建宏基因組文庫,利用高通量測序技術分析環境樣品所包含的全部微生物的群體基因組成及功能和參與的代謝通路,解讀微生物群體的多樣性與豐度,探求微生物與環境,微生物與宿主之間的關系,發掘和研究新的、具有特定功能的基因。

            美吉優勢

            ★ 擁有標準化操作實驗室和高通量測序技術平臺,實驗周期短,質量可靠。
            ★ 擁有Roche 454 FLX +和Illumina HiSeq 2500、MiSeq等多種高通量測序平臺。
            ★ 技術人員經驗豐富,可以根據合作伙伴要求提供實驗方案、解決實驗問題、分析實驗結果。
            ★ 擁有專業的生物信息團隊和大型計算機,可以為合作伙伴提供個性化的生物信息分析服務。

            技術路線

             

             

            生物信息分析流程
             


            Illumina平臺    

             

             

                         

            Roche 454平臺

             

            研究內容

            1. 原始數據處理
            2. 序列拼接
            3. 基因預測
            4. 基因功能注釋(NR,Interpro)
            5. 基于基因的物種分類統計
            6. 基于16S rDNA的物種分類統計
            7. COG功能分類和KEGG代謝途徑分析
            8. 優勢物種的基因組獨立分析

            Illumina平臺

            送樣要求 1

            1. 樣品類型: DNA
            2. 樣品需求量(單次):≥5μg
            3. 樣品濃度:≥20ng/μL
            4. 樣品純度:OD260/280=1.8-2.0并確保DNA無降解
            5. 樣品保存期間切忌反復凍融,送樣時請使用冰袋或干冰運輸。

            Roche 454平臺

            送樣要求 2

            1. 樣品類型:DNA
            2. 樣品需求量(單次):≥2μg
            3. 樣品濃度:≥20ng/μL
            4. 樣品純度:OD260/280=1.8-2.0并確保DNA無降解
            5. 樣品保存期間切忌反復凍融,送樣時請使用冰袋或干冰運輸。

          2. 上一個項目: 微生物基因組測序
          3. 下一個項目: 宏基因組de novo測序
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