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            服務項目

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            微生物基因組測序

            來源: 本站原創    作者:佚名   發布時間:2015/3/31 11:24:46

             隨著細菌基因組研究的迅速發展,全基因組測序已逐步成為微生物基礎研究的重要手段之一。新一代高通量測序技術大大減少了基因組測序的成本和時間,讓更多實驗室可以開展微生物基因組測序項目。

                根據不同的研究目的和測序要求,細菌基因組測序可分為三種類型:細菌基因組Scanning、細菌基因組精細圖和細菌基因組完成圖。美吉生物靈活應用Roche 454 長片段測序、Illumina 短片段高覆蓋測序,結合454雙末端測序(Paired-End)及Illumina末端配對測序(Mate-Pair Sequencing)技術,針對不同的基因組測序類型,提供專業、合理、高性比的測序服務。

            迪巧的優勢

            ★擁有標準化操作實驗室和高通量測序技術平臺,實驗周期短,質量可靠。
            ★擁有ABI3730xl常規測序平臺、Roche 454 FLX + 高通量測序平臺和HiSeq 2500高通量測序平臺,三種平臺聯合應用,優勢互補,在細菌基因組測序中取得1+1+1>3的效果。
            ★技術人員經驗豐富,每年完成數百個BAC全長測序、幾十個微生物基因組測序的Gap Closing工作。
            ★擁有專業的生物信息團隊和大型計算機,可以為合作伙伴提供個性化的生物信息分析服務。

            細菌組框架圖測序:  細菌基因組Scanning采用Illumina PE測序技術,對基因組進行100×深度測序,根據序列組裝結果,以獲取基因組序列信息。

            技術路線
             


            細菌基因組Scanning技術路線圖

             

            研究內容

            1. 原始數據處理
            2. 有效數據統計
            3. 基因組拼接
            4. 基因預測
            5.基因功能注釋

            承諾指標

            基因組覆蓋度大于95%,基因區覆蓋度達到98%以上,單堿基錯誤率低于十萬分之一。

            送樣要求

            1. 樣品類型: DNA
            2. 樣品需求量(單次): 小片段PE文庫(300-500bp),≥5µg;
            3. 樣品濃度:≥50ng/µL
            4. 樣品純度:OD260/280=1.8-2.0并確保DNA無降解,無污染。
            5. 樣品保存期間切忌反復凍融,送樣時請使用冰袋或干冰運輸。

            細菌基因組精細圖測序

             為了避免單個平臺的測序偏向性以及短片段造成的基因組組裝錯誤,細菌基因組精細圖可采用Roche 454 測序技術(40×)結合Illumina PE技術(100×)進行基因組測序,454長序列拼接獲得Contigs,而MP的序列能尋找Contigs之間的關系,搭建Scaffolds。長序列能極大降低對生物信息學的依賴,因此拼接結果也會更加準確。在此基礎上,可以借助ABI3730xl測序平臺對整個基因組或其中的某一區域進行Gap Closing。

            迪巧的優勢

            ★ 擁有標準化操作實驗室和高通量測序技術平臺,實驗周期短,質量可靠。
            ★ 擁有Roche 454 FLX +和Illumina HiSeq 2500、MiSeq等多種高通量測序平臺。
            ★ 技術人員經驗豐富,可以根據合作伙伴要求提供實驗方案、解決實驗問題、分析實驗結果。
            ★ 擁有專業的生物信息團隊和大型計算機,可以為合作伙伴提供個性化的生物信息分析服務。

            技術路線

                 

                          細菌基因組精細圖技術路線圖(1)                 

                  

            細菌基因組精細圖技術路線圖

             

             

            研究內容

            1. 原始數據處理
            2. 有效數據統計
            3. 基因組拼接
            4. 基因預測
            5. 基因功能注釋

            技術指標

            Illumina + Roche 454 平臺
            1. 樣品類型: DNA
            2. 樣品需求量(單次):Illumina,300-500bp小片段PE文庫 > 5µg,3K大片段MP文庫 > 20µg,5K大片段MP文庫 > 30µg,8K大片段MP文庫 > 40µg;Roche 454,shotgun文庫> 2µg,PE文庫 > 10µg。
            3. 樣品濃度:對于小片段文庫 >50ng/µL;對于大片段文庫> 100 ng/µL。
            4. 樣品純度:OD260/280=1.8-2.0并確保DNA無降解,無污染。
            5. 樣品保存期間切忌反復凍融,送樣時請使用冰袋或干冰運輸。

            Illumina平臺
            1. 樣品類型: DNA
            2. 樣品需求量(單次): 300-500bp小片段PE文庫> 5µg,800bp小片段PE文庫> 5µg;3K大片段MP文庫> 20µg,5K大片段MP文庫> 30µg,8K大片段MP文庫> 40µg。
            3. 樣品濃度:對于小片段PE文庫 >50ng/µL;對于大片段MP文庫> 100 ng/µL。
            4. 樣品純度:OD260/280=1.8-2.0并確保DNA無降解,無污染。
            5. 樣品保存期間切忌反復凍融,送樣時請使用冰袋或干冰運輸。

            細菌基因組完成圖測序

               細菌基因組完成圖采用Roche 454 長片段測序技術(40×)結合Illumina PE技術(100×)獲得基因組精細圖,再借助ABI3730xl測序平臺對整個基因組進行Gap Closing,得到基因組完成圖。

            迪巧的優勢

            ★擁有自主實驗室和高通量測序平臺,可以根據合作伙伴要求靈活安排實驗,實驗周期短,質量可靠。
            ★擁有ABI3730xl常規測序平臺、Roche 454 FLX +、Illumina HiSeq 2500高通量測序平臺,以及第三代測序平臺PacBio GS等四種平臺聯合應用,優勢互補,在微生物基因組測序中取得1+1+1+1>4的效果。
            ★技術人員經驗豐富,每年完成數百個BAC全長測序、幾十個微生物基因組測序的Gap Closing工作。
            ★擁有專業的生物信息團隊和大型計算機平臺,可以為合作伙伴提供個性化的生物信息分析服務。

                             

            技術指標

            簡單基因組:0 gap, 0 N;
            復雜基因組:gap數不大于3

            復雜基因組定義

            1. 重復序列大于10%;
            2. GC含量大于65%或小于35%;
            3. 基因組質粒數大于4個;

            送樣要求

            1. 樣品類型: DNA
            2. 樣品需求量(單次):Illumina,300-500bp小片段PE文庫≥5µg,3K大片段MP文庫≥20µg,5K大片段MP文庫≥30µg,8K大片段MP文庫≥40µg;Roche 454,shotgun文庫≥2µg,PE文庫≥10µg。
            3. 樣品濃度:對于小片段文庫≥50ng/µL;對于大片段文庫≥100 ng/µL。
            4. 樣品純度:OD260/280=1.8-2.0并確保DNA無降解,無污染。
            5. 樣品保存期間切忌反復凍融,送樣時請使用冰袋或干冰運輸。

          2. 上一個項目: 簡化基因組測序
          3. 下一個項目: 宏基因組測序
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