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            簡化基因組測序

            來源: 本站原創    作者:佚名   發布時間:2015/3/31 11:18:34

              簡化基因組方法是一種利用酶切技術、序列捕獲芯片技術或其他實驗手段降低物種基因組復雜程度,進而研究基因組各類遺傳結構性變異的技術手段。目前常見的簡化基因組技術包括RAD(Restriction site Associated DNA)和GBS(Genotyping By Sequencing)。這些技術都可以在極短的時間內開發出成千上萬的SNP 標記,而分子標記是開展遺傳作圖、關聯分析、群體遺傳分析以及生態多樣性分析等的基礎,所以利用簡化基因組技術開展科研工作是當前第二代測序技術的一種熱門應用。

            應用范圍

            ★ 分子標記的開發

            ★ 超高密度遺傳圖譜的構建

            ★ 群體遺傳分析

            技術優勢

            ★ 測序量低,價格便宜    

            ★ 適用于各類育種群體

            ★ 參考基因組不依賴性

            技術路線

             

            簡化基因組RAD與GBS比較

             

            RAD

            GBS

            DNA起始量

            1ug

            300ng

            Pooling數目

            4/8/16/24

            96或96的倍數

            片段大小選擇方法

            隨機打斷選擇片段大小

            PCR擴增選擇片段大小

            測序量

            根據基因組大小而定

            200 Mb/樣本*Gb

            SNP

            較多

            略少

            成本

            更低

            適用樣本:

            ★ GBS比較適合重復序列高的物種,酶切片段大小范圍在300~1000bp,酶切后不打斷直接建庫。

            ★ RAD方法常用于動物基因組,酶切后的片段長度幾百bp至十幾kb,打斷后跑膠回收特定長度的片段用于建庫。

             

             研究內容

            1. 分子標記開發

               個體SNPs的鑒定,個體InDel標記的鑒定,群體SNPs標記的整合。

            2. 超高密度遺傳圖譜構建

                連鎖群的區分,海量標記的排序,偏分離位點的篩選。

            3. 群體遺傳分析

               對SNPs數據進行群體遺傳學水平分析,包括Tree,群體結構分析,PCA分析等。

            4. 基因組草圖繪制

               基因組草圖的組裝,基因注釋等。

            送樣要求

            1. 樣品類型:DNA
            2. 樣品需求量(單次):300-500bp小片段文庫 ≥5µg。
            3. 樣品濃度:≥50ng/µL
            4. 樣品純度:OD260/280=1.8-2.0并確保DNA無降解,無污染。
            5. 樣品保存期間切忌反復凍融,送樣時請使用冰袋或干冰運輸。

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