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            基因表達譜測序

            來源: 本站原創    作者:佚名   發布時間:2015/3/31 11:08:56

             基因表達譜測序是直接對某一物種或特定細胞在某一功能狀態下產生的mRNA進行高通量測序,可以用來研究基因的表達差異情況。該技術結合了轉錄組測序建庫的實驗方法,與轉錄組測序相比,基因表達譜測序要求的讀長更短,測序通量更小,但僅可用于基因表達差異的研究。該方法具有定量準、可重復性高、檢測閾值寬、成本低等特點,能很好地替代以往的數字化表達譜分析。

            一、技術路線 

            Illumina HiSeq 2500、Illumina Nextseq 500和Ion Proton

             

             

            二、生物信息分析

            標準分析內容

            1.  原始數據整理、過濾及質量評估


            2.  與參考基因組比對
              2.1Reads與參考基因組比對情況統計
              2.2Reads在參考基因組不同區域的分布情況
              2.3Reads在染色體上的密度分布情況
              2.4Reads比對結果可視化


            3.  蛋白編碼基因的表達量分析 
              3.1基因覆蓋度統計
              3.2樣品間相關性分析


            4.  蛋白編碼基因的表達量差異分析(樣本數≥2)
            5.  差異表達基因的富集分析(GO、KEGG)(樣本數≥2)
            6.  差異表達基因的聚類分析(熱圖)(樣本數≥3)

             

            高級分析內容

            1.  蛋白網絡構建及分析 

            三、結果展示

               

            四、樣品要求

            1. 總RNA:針對Illumina測序平臺,濃度≥80 ng/ul,總量≥12 μg;針對Roche 454 FLX+平臺,濃度≥200 ng/μl,總量≥50 μg;OD260/280介于1.8-2.2之間,OD260/230值應≥2.0。電泳檢測28S:18S至少大于1.5;并確保RNA無降解,無污染;或提供濃度≥50 ng/μl,總量≥1 μg的mRNA。同時,提供質量檢測相關數據和圖片,包括分光光度計、電泳膠圖或Nanodrop儀器檢測數據。一般不建議提供mRNA,較難定量。

            2. 組織樣品:動物、植物、微生物總量大于500 mg的新鮮樣品(植物材料應盡量選取幼嫩部位)。采樣后將樣品立即用RNAlater和液氮速凍,保存于-80℃(保存期不超過一個月),送樣時使用干冰運輸(不超過72 h);提取RNA后經變性電泳,保證各RNA條帶清晰、比例適中、完整性好、無降解。特別要求樣品分成3份,方便后續提取,避免同一份樣品反復凍融造成樣品降解。


            3. 細胞樣品:先使用TRIzol試劑進行處理,每0.25 mL樣品(5-10×106 個細胞)加入0.75 mL TRIzol試劑(可參考TRIzol試劑說明書),于-80℃保存,并提供2-3份該樣品。原則上不接收未經TRIzol處理的細胞樣品。


            4. 樣品保存期間切忌反復凍融。


            5. 送樣管務必標清樣品編號,管口使用Parafilm膜密封。 

            五、迪巧的優勢

            1. 擁有標準化操作實驗室和高通量測序技術平臺Illumina Nextseq 500、Illumina MiSeq、Illumina HiSeq 2500和Ion Proton,實驗周期短,質量可靠。

            2. 技術人員經驗豐富,可以根據合作伙伴要求提供實驗方案、解決實驗問題、分析實驗結果。


            3. 擁有專業的生物信息團隊和完整的生物信息分析服務體系,除提供標準化生物信息服務外,還可以為合作伙伴提供個性化的生物信息分析服務。


            4.  擁有標準的、實時更新的項目進展流程,有助于合作伙伴及時了解項目進展最新情況。


            5.  免費提供文章寫作指導服務和文章潤色服務。

          2. 上一個項目: Small RNA測序
          3. 下一個項目: LncRNAs測序
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