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            Small RNA測序

            來源: 本站原創    作者:佚名   發布時間:2015/3/31 11:05:14

             Small RNA是一類重要的體內調節分子,長度在18-30nt之間,主要包括miRNA、piRNA和siRNA。它的功能主要是誘導基因沉默,參與基因轉錄后調控,從而調節細胞生長、分化,以及個體發育、生殖等重要生物學過程。高通量測序技術可以對樣本中所有small RNA家族進行測序和表達定量,從而解析miRNA、siRNA、piRNA和其它非編碼RNA以及相應靶序列。

            一、技術路線

            Illumina MiSeq、Illumina HiSeq 2500和Nextseq 500

            二、生物信息分析

            標準信息分析
            1、數據產出統計,對原始測序數據去接頭污染,去低質量reads;
            2、18~30 nt 小RNA 測序結果的長度分布;
            3、樣品間的公共序列和特異序列的分析;
            4、小RNA在選定的參考基因組上的分布;
            5、小RNA與rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA的比對信息;
            6、小RNA與重復序列的比對信息;
            7、小RNA與外顯子或內含子的比對信息;
            8、小RNA與miRBase 中指定范圍的已知的 miRNA的比對;
            9、按照優先級將小RNA進行分類注釋;
            10、利用 Mireap 或mirdeep對沒有注釋的small RNA進行預測,預測新的miRNA,繪制新的miRNA 的二級結構圖;

            高級信息分析(基于標準分析)

            1、已知miRNA和novel miRNA的靶基因預測;
            2、已知miRNA和Novel miRNA靶基因GO注釋和KEGG;
            3、已知miRNA的堿基編輯分析;
            4、已知 miRNA 差異分析和聚類分析;
            5、Novel miRNA 差異分析(2個或2個以上樣品)和聚類分析;
            6、差異miRNA 靶基因預測;
            7、差異miRNA 靶基因GO 注釋和KEGG 通路分析。  

            三、結果展示

             

             

            四、樣品要求

            1. 總RNA:濃度≥200 ng/μl,總量≥3 μg;OD260/280介于1.8-2.2之間,OD260/230值應≥2.0。電泳檢測28S:18S至少大于1.5;并確保RNA無降解,無污染。提取總RNA時,請避免使用過柱法和LiCl沉淀法,以避免Small RNA的丟失。

            2. 組織樣品:動物、植物、微生物總量大于500 mg的新鮮樣品(植物材料應盡量選取幼嫩部位)。采樣后將樣品立即用RNAlater和液氮速凍,保存于-80℃(保存期不超過一個月),送樣時使用干冰運輸(不超過72 h);提取RNA后經變性電泳,保證各RNA條帶清晰、比例適中、完整性好、無降解。特別要求樣品分成3份,方便后續提取,避免同一份樣品反復凍融造成樣品降解。


            3. 細胞樣品:先使用TRIzol試劑進行處理,每0.25 mL樣品(5-10×106個細胞)加入0.75 mL TRIzol試劑(可參考TRIzol試劑說明書),于-80℃保存,并提供2-3份該樣品。原則上不接收未經TRIzol處理的細胞樣品。


            4. Small RNA:要求從1-10 μg的總RNA中純化,一般不推薦客戶提供。


            5. 樣品保存期間切忌反復凍融。


            6. 送樣管務必標清樣品編號,管口使用Parafilm膜密封。 

            五、迪巧的優勢

            1.擁有標準化操作實驗室和Illumina Nextseq 500、Illumina MiSeq和Illumina HiSeq 2500高通量測序技術平臺,實驗周期短,質量可靠。

             

            2.技術人員經驗豐富,可以根據合作伙伴要求提供實驗方案、解決實驗問題、分析實驗結果。


            3.擁有專業的生物信息團隊和完整的生物信息分析服務體系,除提供標準化生物信息服務外,還可以為合作伙伴提供個性化的生物信息分析服務。


            4.擁有標準的、實時更新的項目進展流程,有助于合作伙伴及時了解項目進展最新情況。


            5.免費提供文章寫作指導服務和文章潤色服務。

          2. 上一個項目: 無參轉錄組測序
          3. 下一個項目: 基因表達譜測序
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