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            動植物基因組重測序

            來源: 本站原創    作者:佚名   發布時間:2015/3/31 10:45:17

              在已知物種基因組的情況下,對物種內的不同個體或某個個體的不同組織進行基因組重測序,可以在全基因組水平上發現不同個體或組織細胞之間的差異。通過這種方法,可以尋找出大量的單核苷酸多態性位點(SNP),插入缺失位點(InDel,Insertion Deletion),結構變異位點(SV,Structure Variation),拷貝數變異(Copy Number Variation,CNV)等變異信息,從而獲得生物群體的遺傳特征。這對在群體水平上研究物種的進化歷史、環境適應性、自然選擇等方面具有重大意義。利用全基因組重測序有助于快速發現與動植物重要性狀相關的遺傳變異,縮短分子育種的實驗周期;有助于發現人類疾病相關的重要變異基因,加快生物醫藥研發的速度等。

            迪巧的優勢

            ★ 擁有標準化操作實驗室和高通量測序技術平臺,實驗周期短,質量可靠。
            ★ 擁有Roche 454 FLX +和Illumina HiSeq 2500、MiSeq等多種高通量測序平臺。
            ★ 技術人員經驗豐富,可以根據合作伙伴要求提供實驗方案、解決實驗問題、分析實驗結果。
            ★ 擁有專業的生物信息團隊和大型計算機,可以為合作伙伴提供個性化的生物信息分析服務。

            技術路線

                提取基因組DNA后采用物理方法隨機打斷,選擇性回收目的片段并在兩端連接接頭以構建測序文庫,進行橋式PCR(Bridge Amplification)制備Cluster,最后使用Illumina測序平臺進行雙末端測序(Paired-End,PE)。

            PE測序技術的作用:

            ① 提供足夠的測序序列信息;

            ② 挖掘基因組大片段結構變異信息;

            ③ 減少重復序列對基因組組裝的影響。

             

             

                  動植物基因組重測序技術路線圖

            生物信息分析流程


             
            研究內容

                1. 原始數據處理

                2. 序列mapping至參考基因組

                3. SNP、InDel、SV及CNV等結構變異的檢測

                4. 結構變異數據的深度過濾

                5. 結構變異數據的功能注釋

            送樣要求

            1. 樣品類型: DNA;
            2. 樣品需求量(單次): 300-500bp小片段PE文庫 > 5µg; 
            3. 樣品濃度:> 50ng/µL;
            4. 樣品純度:OD260/280=1.8-2.0并確保DNA無降解,無污染;
            5. 樣品保存期間切忌反復凍融,送樣時請使用冰袋或干冰運輸。

             

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