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            動植物基因組de novo測序

            來源: 本站原創    作者:佚名   發布時間:2015/3/31 10:41:39

             基因組de novo測序也叫做基因組從頭測序,是指不依賴于任何已知基因組序列信息對某個物種的基因組進行測序,然后應用生物信息學手段對測序序列進行拼接,最終獲得該物種基因組序列圖譜。從基因組水平上對物種的生長、發育、進化、起源等重大問題進行研究,將加深我們對物種的認識,在新基因的發現、物種改良等方面發揮巨大作用。

            迪巧的優勢

            ★ 擁有標準化操作實驗室和高通量測序技術平臺,實驗周期短,質量可靠。
            ★ 擁有Roche 454 FLX +和Illumina HiSeq 2500、MiSeq等多種高通量測序平臺。
            ★ 技術人員經驗豐富,可以根據合作伙伴要求提供實驗方案、解決實驗問題、分析實驗結果。
            ★ 擁有專業的生物信息團隊和大型計算機,可以為合作伙伴提供個性化的生物信息分析服務。

            技術路線


             動物基因組de novo測序技術路線圖

            HiSeq 2500高通量測序平臺每個run能產生海量的數據,可為動植物基因組組裝提供高覆蓋度的數據,該平臺憑借高性價比的特點,逐漸成為了動植物基因組de novo測序的主流平臺,受到了研究者的廣泛青睞。

            生物信息分析:

            1. 基因組拼裝統計

            提供基因組拼裝的基本信息,包括原始數據統計、測序覆蓋度統計、Contig N50大小、Scaffold N50大小、基因組大小、GC含量及雜合度等信息。

            2. 基因組注釋

            包括基因預測、基因功能注釋(同NR、Swiss-Prot、InterPro等數據庫進行同源比對)、重復序列分析及non-coding RNA注釋等。

            3. 基因功能分類

            GO分類、KEGG通路分析等。

            4. 比較基因組學及進化分析

            通過比較近緣物種的基因組數據,從基因功能、基因組骨架結構、分子進化等方面對目標基因組進行分析。

            5. 建立數據庫

            建立符合國際標準且具有良好兼容性的基因組數據庫,實現基因組數據的查詢與共享。

            承諾指標:

            基因組框架圖

            基因組精細圖

            基因區覆蓋率>95%

            基因區覆蓋率>98%

            Contig  N50 >5Kb

            Contig  N50  >20Kb

            Scaffold  N50 >20Kb

            Scaffold  N50 >300Kb

            單堿基錯誤率<0.01%

            單堿基錯誤率 <0.01%

             

            送樣要求:

            1. 樣品類型: DNA

            2. 樣品需求量(illumina平臺,單次):

            300-500bp小片段PE文庫> 5µg,
            3K大片段MP文庫> 20µg,
            5K大片段MP文庫> 30µg,
            8K大片段MP文庫> 40µg;

            3. 樣品濃度:

            小片段文庫 >50ng/µL;
            大片段文庫> 100 ng/µL。

            4. 樣品純度:OD260/280=1.8-2.0并確保DNA無降解,無污染。

            5. 樣品保存期間切忌反復凍融,送樣時請使用冰袋或干冰運輸。

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